La construcción de cualquier profesión conlleva el desarrollo de un cuerpo específico de conocimientos. En el pasado, todavía reciente, la profesión Naturopática adaptaba teorías de otras disciplinas, tales como la medicina, la psicología y la sociología, como base para la práctica. Actualmente la Naturopatía tiene definido su marco de competencias profesionales y esta desarrollando investigaciones Naturopáticas al objeto de tener su propio cuerpo de conocimientos, los cuales se expresan como modelos y teorías conceptuales, estos proporcionan información sobre, las definiciones de la Naturopatía y la practica Naturopática, los principios que forman la base para la práctica, las metas y funciones de la Naturopatía.
En los últimos años, los dos aspectos en que la Naturopatía contemporánea está centrada en profundizar son: la autonomía profesional (la Naturopatía es una disciplina de carácter autónomo dentro del marco de las Ciencias de la Salud), la identificación (La Naturopatía no es una método alternativo ni una terapia natural es una disciplina científica) y profundización en el cuerpo de conocimientos propios de la Naturopatía, rompiendo con la tradicional dependencia del modelo médico – terapéutico.
La Naturopatía es una profesión que se nutre y crece a partir de los conocimientos generados a través de la investigación científica en las distintas áreas de su quehacer .Por lo que la formación en investigación permite a los Naturópatas cumplir con los criterios de rigurosidad metodológica. Para que la Naturopatía ocupe el espacio que le corresponden en la taxonomía de los campos de conocimiento científico es necesario impulsar el desarrollo epistemológico
Hoy en día, no cabe la menor duda, de que sin la Organización Colegial Naturopática, y a pesar de las dificultades que todavía tenemos que superar, no habríamos obtenidos logros importantes y hoy no estaríamos hablando de una Naturopatía española potente, con un nivel científico-técnico aceptable, dotada de personalidad propia y peso específico en la sociedad actual, y con la certeza de ser valorados por la ciudadanía, a la vez que nos van reconociendo otras profesiones; y con un notable prestigio en el seno de la Naturopatía europea e internacional.