Y posteriormente, a medida que avanzaba el proceso de sistematización de la Naturopatía se fue viendo a la persona en función cuerpo, psique y espíritu. Aunque todavía el Servicio Profesional de Naturopatía seguía centrándose en los aspectos físicos, pero se ponía atención a las necesidades psicológicas y espirituales de la persona. La persona todavía no se veía de una forma integral, holística y sistémica, sino de una manera fragmentada.

Hoy, la Naturopatía tiene un concepto integral, sistémico y holístico de la persona, como seres humanos complejos más que como partes fragmentadas. Este concepto considera todas las dimensiones de la persona (individuo – sociedad – naturaleza); en consecuencia el modo como se provee el Servicio Profesional de Naturopatía es diferente. El concepto integral, sistémico y holístico es compatible con la teoría general de sistemas según la cual el todo es más grande que la suma de sus partes. Las personas se consideran partes interrelacionadas, interactuantes, e interdependientes de redes sociales significativas. La salud, por tanto es algo más que ausencia de enfermedad, es un equilibrio físico, psíquico, emocional, espiritual, social, ecológico y transpersonal, es decir tiene una comprensión holística donde se comprende el funcionamiento completo en las dimensiones físicas, mentales, sociales y espirituales.

En la actualidad la cosmovisión de la Naturopatía se centra en la salud como equilibrio entre la persona y su medio. Donde la Naturopatía tiene su campo de actuación: el bienestar y la calidad de vida de las personas, entendiendo que no es posible separar los componentes físico, social y emocional de su salud.

El ser humano puede ser estudiado desde muchas perspectivas: las ciencias biológicas estudian los subsistemas de los humanos en un intento por determinar cómo funciona el cuerpo; las ciencias de la conducta estudian la mente humana, la conducta, las interacciones con los demás individuos y con el entorno; la filosofía estudia el ser espiritual del hombre y el significado de su existencia en el universo. Y la Naturopatía estudia al ser humano en su dimensión integral, sistémica y holística en función de su respuesta a la salud y a la perdida de salud como equilibrio dinámico

La intervención Naturopática con las personas está basada en un marco conceptual en el cual la persona es considerada holísticamente desde un modelo de Naturopatía. La Naturopatía considera a la persona un sistema vivo abierto y como un subsistema de otros sistemas tales como el de la familia y otros grupos significativos de referencia. La Naturopatía tiene una filosofía de carácter marcadamente humanista, siendo capaz de identificar las diferencias idiosincrásicas de la persona y de comprender los roles de cada persona para así realizar una intervención Naturopática eficiente y eficaz.

Los Servicios Profesionales de Naturopatía se dispensa a seres humanos quienes, como tales son dinámicos, cambiantes y únicos, por lo tanto no están sujetos necesariamente a un proceso ordenado por etapas, más sí, a través de procesos sistematizados, que le permitan en primer término comprender, interpretar y explicar un fenómeno. El objetivo de la investigación en Naturopatía debe estar por encima del dilema de los paradigmas, es comprender los fenómenos que existen, que están allí, que influyen en las interacciones cuando realizamos una intervención Naturopática, para apoyar intervenciones favorables a la vida misma.

La Naturopatía comenzó su proceso de generar sus propios conocimientos a través de la investigación y construir su realidad desde su propia perspectiva. Los fundamentos de la Naturopatía como profesión contienen conocimientos filosóficos, éticos y ecobiosicosociales como soporte al desarrollo de la misma. Las actividades de docencia, asistencia e investigación en Naturopatía representan el marco para la construcción de conocimiento, siguiendo caminos que le faciliten dicha construcción; para esto hará uso de aquella macro visión que le permita acercarse de manera más efectiva a la comprensión y, por qué no, también a la explicación de los sujetos/objetos de su interés: el salutante.