La metodología cualitativa es característica de un planteamiento científico fenomenológico. Tal aproximación a la ciencia tiene sus orígenes en la antropología, donde se pretende una comprensión holística, esto es, global del fenómeno estudiado, no traducible a términos matemáticos. El postulado característico de dicho paradigma es que «lo subjetivo» no sólo puede ser fuente de conocimiento sino incluso presupuesto metodológico y objeto de la ciencia misma.

La metodología cualitativa se caracteriza por:

• Ser inductiva; como consecuencia de ello, presenta un diseño de investigación flexible, con interrogantes vagamente formulados. Incluso, se pueden incorporar hallazgos que no se habían previsto inicialmente, y que ayudan a entender mejor el fenómeno estudiado. 
• Tener una perspectiva holística, global del fenómeno estudiado, sin reducir los sujetos a variables. Quiere esto decir que la metodología cualitativa no se interesa por estudiar un fenómeno acotándolo, sino que lo estudia teniendo en cuenta todos los elementos que lo rodean. 
• Buscar comprender, más que establecer relaciones de causa-efecto entre los fenómenos. 
• Considerar al investigador como instrumento de medida. El investigador puede participar en la investigación, incluso ser el sujeto de la investigación, puesto que se considera la introspección como método científico válido.
• Llevar a cabo estudios intensivos a pequeña escala. No interesa estudiar una población representativa del universo estudiado, como plantea la metodología cuantitativa, sino analizar pocos sujetos en profundidad. En este sentido, cabe decir que no se busca la generalización, sino la especificidad de la realidad observada.
• No proponerse, generalmente, probar teorías o hipótesis, sino más bien generarlas. Es, más bien, un método de generar teorías e hipótesis, que abren futuras líneas de investigación.

Ahora bien, la investigación cualitativa necesita también ser sistemática y rigurosa. La crítica más común que se hace a la metodología cualitativa es su carácter subjetivo, polarizado, impresionista, idiosincrásico y falto de medidas exactas cuantificables. Estas críticas se hacen siempre desde el punto de vista de la validez interna (que el resultado de la investigación represente el hecho real estudiado) y de la validez externa (que el resultado de la investigación sea aplicable a otras situaciones). Sin embargo, en la investigación cualitativa la generalización no es una condición sine qua non. En contraposición, como se ha indicado, la investigación cualitativa ahonda en la interpretación de los datos: supone un estudio más profundo y detenido de los datos observados, y tiene sus propios medios de conseguir validez, como es el empleo de la triangulación, esto es, cotejar los datos desde diferentes puntos de vista, lo cual ayuda además a profundizar en la interpretación de los mismos.

Se pueden agrupar las técnicas de recogida de datos de la investigación cualitativa en tres grandes categorías, basadas respectivamente en la observación directa, las entrevistas en profundidad y el empleo de documentos. Los instrumentos de recogida son variados, como pueden ser las parrillas de observación, o bien cuestionarios, entrevistas, diarios, entre otros.

A pesar de que la metodología cualitativa y la cuantitativa suelen contraponerse, en realidad tanto la orientación de tipo cuantitativo como la de tipo cualitativo pueden considerarse interdependientes. De esta manera, puede iniciarse un estudio cualitativo exploratorio, y posteriormente emplear métodos cuantitativos para ir ordenando lo que se va descubriendo. O, a la inversa, iniciar un estudio cuantitativo y a lo largo de su desarrollo precisar las aportaciones cualitativas que permitan una visión más profunda de la realidad objeto de estudio.