La Ciencia y Profesión Naturopática en su evolución ha realizado una singular producción teórica, en tanto que posee un sistema de ideas, estudia procesos que pueden ser observados; puede definir la o las formas para explicar los fenómenos objeto de su praxis y llegar a establecer las relaciones entre ellos. La Naturopatía ha pasado por diferentes fases en su proceso de profesionalización hasta consolidarse como una disciplina dentro del marco de las Ciencias de la Salud.

En comparación con otras ciencias en desarrollo, la Naturopatía todavía se encuentra en una fase de sistematización, es decir en una fase inicial de desarrollo científico En la segunda mitad del siglo XX, con John Bastyr, es cuando se comienza a hablar de ciencia Naturopática; esto nace a partir de considerarse que la base del conocimiento para el ejercicio de la Naturopatía es inadecuado e incompleto, y que el desarrollo de una base científica para dicho ejercicio tiene una gran prioridad para la disciplina, la teorización forma parte del desarrollo del Profesional Naturópata en cuanto a formación, investigación y ejercicio de la profesión. Los fundamentos teóricos y metodológicos constituyen la base y las orientaciones del razonamiento Naturopático para actuar desde una perspectiva autónoma dentro del marco de las Ciencias de las Ciencias de la Salud.

La salud es un fenómeno complejo, interactivo e intraactivo, integrativo, sistémico y holístico, y como tal su abordaje metodológico tiene que ser de su misma magnitud. Y la salud en su vertiente natural, objeto formal de estudio de la ciencia Naturopática, así lo demuestra. Por tanto, desde esta perspectiva multifactorial y sistémica, la Naturopatía tiene en cuenta el contexto, las múltiples dimensiones de la experiencia humana (biológica, psicológica, ecológica, social y transpersonal) certificando los datos subjetivos. La persona es multidimensional, interactuante y no reductible a partes discretas; aún cuándo las partes se reconocen, solamente tienen significado en el contexto global. La Naturopatía estudia tanto fenómenos objetivos como subjetivo; por tanto utiliza metodologías cuantitativas y cualitativas. La metodología Naturopática es el instrumento que garantiza la aplicación sistemática de conocimientos científicamente contrastados en los Servicios Profesionales de Naturopatía.

Por tanto, el razonamiento Naturopático es el pensamiento informado cuyo objetivo esta orientado preferencialmente hacia los resultados y que:

• Está basado en los estándares profesionales Naturopáticos, códigos éticos y deontológicos Naturopáticos, así como en la legislación vigente.
• En el proceso Naturopático, identifica de una forma cuidadosa y puntual los problemas de salud claves, las cuestiones y los riesgos de salud implicados incluyendo, en el proceso, al salutante.
• Se basa en principios del proceso Naturopático,la resolución de situaciones generadoras de problemas y el método científico
• Utiliza la lógica, la intuición y la creatividad y se fundamenta en conocimientos específicos, habilidades y experiencias.
• Está dirigido por necesidades del salutante, en interrelación con la vocación del Naturópata de ofrecer Servicios Profesionales de Naturopatía competentes, de calidad y eficientes.
• Requiere estrategias de intervención Naturopática que obtengan el máximo nivel de salud para el salutante.
• Requiere una constante reevaluación, autocorrección y mejora continua del proceso de Naturopatía.