La Naturopatía también ha reflexionado sobre los fenómenos de la práctica profesional Naturopática, lo cual le ha permitido a la Naturopatía fundamentar su identidad y dar razón de su quehacer profesional.

La filosofía Naturopática considera, desde el punto de vista antropológico, que la persona (individuo-naturaleza-sociedad) es el sujeto de la intervención Naturopática y que éste implica interacciones intersubjetivas, intrasubjetivas y fenomenológicas que caracterizan a los participantes en la acción de la intervención Naturopática: el profesional Naturópata y el salutante, vistos como una totalidad.

Los fundamentos filosóficos de la Naturopatía reflexionan sobre la intervención Naturopática mediante sus diferentes tecnologías. Y a este nivel filosófico, las preguntas correspondiente a la práctica profesional Naturopática se puede expresar de la siguiente forma:

La ontología Naturopática reflexiona sobre el objeto material y objeto formal de estudio de la ciencia Naturopática, para que tenga identidad como área de conocimiento de carácter autónomo dentro del marco de las Ciencias de la Salud. Siendo así que los remedios naturales siempre ha sido utilizado por la humanidad para resolver problemas presentes o futuros de salud, pero hasta principios del siglo XX no había sido considerado como objeto formal de estudio, y es donde la Naturopatía sustantiviza el proceso de conocimiento de los remedios naturales en su fase teórica y aplicativa, otorgándole un ser ahí histórico y una sustancia substantiva.

La antropología filosófica reflexiona sobre el ser humano en se relación consigo mismo, con la naturaleza y la sociedad, y en la Naturopatía el sujeto de la relación dialógica en el binomio Profesional Naturópata / Salutante, pues no hay una línea divisoria que marque la relación del proceso de salud, llevando en ultima instancia el salutante el protagonismo del proceso de salud, de ahí la denominación de salutante.

El objetivo de la gnoseología es reflexionar sobre el origen, la naturaleza o la esencia, y los límites del conocimiento, del acto cognitivo. La Gnoseología reflexiona sobre los principios, los conocimientos esenciales de la Naturopatía; los principios sobre los cuales se sustentan la investigación y la práctica profesional Naturopática. Estos principios han sido desarrollados durante todo el proceso histórico de conformación de la Naturopatía que comienza a finales del siglo XIX con Benedict Lust en Estados Unidos.

La epistemología es la disciplina filosófica cuyo objeto de estudio es la naturaleza, el origen y la validez del conocimiento, siendo la reflexión epistemológica de la Naturopatía sobre la demarcación en la ciencia y concretamente en el marco de las Ciencias de la Salud, y validar el conocimiento Naturopática con los parámetros del método científico.

La axiología es una rama de la filosofía, que tiene por objeto de estudio la naturaleza o esencia de los valores y de los juicios de valor que puede realizar un individuo. La axiología Naturopática queda reflejada el Código Deontológico de la Profesión Naturopática donde se recogen los elementos éticos de la práctica profesional Naturopática y que vincula a todos los Profesionales Naturópatas Colegiados.