En Naturopatía al igual que en otras profesiones utilizamos la metodología científica, esta aplicación la realizamos en una doble vertiente, como instrumento de investigación y como método de trabajo. Es por ello que la práctica Naturopática no se ha limitado al simple ejercicio de una actividad, también ha realizado una reflexión sistemática sobre sí misma, sobre sus necesidades, su organización profesional. Ha desarrollado no solo técnicas Naturopática aplicadas, sino también un conjunto de conocimientos teóricos correspondientes a su actividad, al qué y al cómo de su ejercicio profesional Naturopático. Los conocimientos Naturopáticos no son parciales, puntuales y fragmentarios, sino que la Naturopatía cuenta con suficientes teorías sobre sí misma, su quehacer, su objeto, su tecnología, su praxiología.

Enfatizamos, la Naturopatía es una disciplina, ya que se compone de fundamentos filosóficos, históricos, éticos, un cuerpo de conocimientos y teorías que provienen de una forma singular de entender el fenómeno salud de las personas en su relación con su medio (natural y social), es decir, una visión holística del ser, se centra en las respuestas de éste frente a problemas de salud actuales o potenciales, lo que permite explicar, predecir, o controlar los fenómenos que abarcan el ámbito de actuación de la Naturopatía.

La Naturopatía es una de las pocas profesiones que desde todos los enfoques teóricos tiene asumido el concepto holístico, actualizándolo a través de la argumentación científica de la teoría general de sistemas, de la teoría de las necesidades humanas universales o de otros planteamientos con igual rigurosidad.