Como en la evolución de cualquier ciencia, también en la Naturopatía, la filosofía ayuda a ver lo que no se había visto antes ya que aclara los conceptos, porque sistematiza la forma de pensar apoyándose en elementos como el sentido común, la lógica, la prueba o la ética.

Todo conocimiento ha partido de una realidad que poco a poco se ha ido consolidando. Dentro de ese conocimiento cabe una gama de fenómenos unos muy abstractos y otros muy concretos. Sin importar que tan complejo sea siempre estará sujeto a un sustento teórico y a un pensamiento filosófico. En el caso de la Naturopatía, el primer momento del desarrollo del conocimiento fue intuitivo; la experiencia frente al manejo de situaciones tuvo su fundamento en el ensayo y error. Los conocimientos fueron transmitidos de una generación a otra mediante el lenguaje oral.

La salud es un fenómeno complejo, interactivo e intraactivo, integrativo, sistémico y holístico, y como tal su abordaje metodológico tiene que ser de su misma magnitud. Y la salud en su vertiente natural, objeto formal de estudio de la ciencia Naturopática, así lo demuestra. Por tanto, desde esta perspectiva multifactorial y sistémica, la Naturopatía tiene en cuenta el contexto, las múltiples dimensiones de la experiencia humana (biológica, psicológica, ecológica, social y transpersonal) certificando los datos subjetivos. La persona es multidimensional, interactuante y no reductible a partes discretas; aún cuándo las partes se reconocen, solamente tienen significado en el contexto global. La Naturopatía estudia tanto fenómenos objetivos como subjetivo; por tanto utiliza metodologías cuantitativas y cualitativas. La metodología Naturopática es el instrumento que garantiza la aplicación sistemática de conocimientos científicamente contrastados en los Servicios Profesionales de Naturopatía.

El conocimiento científico de la Naturopatía no es resultado de la improvisación (véase la obra “Los errores del Naturismo” de José Castro, 1948) sino que se va construyendo con el consenso de la comunidad Naturopática. El intrusismo pseudocientifico en la Naturopatía es tan frecuente como perturbador.

Por tanto la Naturopatía es una Ciencia de la Salud, es el conjunto sistemático de verdades demostradas acerca de la Salud en su dimensión natural. Es Arte antiguo y Ciencia nueva de la Salud, en su dimensión natural. Es ciencia descriptiva, teoría normativa, realización practica.