Los problemas de salud objeto de la intervención Naturopática implican la necesidad de una sistematización científica. La investigación científica, tanto cualitativa como cuantitativa, realizada en Naturopatía, se nuclea sustancialmente en el desarrollo del conocimiento sobre la Naturopatía y su ejercicio profesional sustantivizado en el Servicio Profesional de Naturopatía, que incluye tanto a personas sanas como a personas con problemas de salud . Tiene como objetivo el conocimiento de los mecanismos fundamentales que afectan a la capacidad de las personas (individuo-sociedad-naturaleza) para mantener o incrementar su nivel de salud, bienestar y calidad de vida de forma autogestionaria.

La indagación científico ha supuesto un elemento clave para el avance y consolidación de la Naturopatía como Ciencia y Profesión, pero también es importante los aportes de la filosofía en el aspectos ontológicos y gnoseológicos presentes en los modelos interpretativos de la Naturopatía como: mecanicista-positivista-determinista, estructural-cognitivo-hermenéutico  y sistémico-holístico e integrativo, que han impregnado la práctica profesional Naturopática propiciando cambios significativos en conceptos como el ser humano o persona, ambiente y relaciones, el método de investigación, la valoración del salutante (individuo-naturaleza-sociedad) y el Servicio Profesional de Naturopatía.

La Naturopatía en su devenir histórico ha estado impregnada por diferentes momentos histórico-culturales y corrientes filosóficas que han contribuido al desarrollo del conocimiento, la práctica y la investigación; por lo que haciendo una revisión de ese proceso histórico encontramos que los progresos realizados en la sistematización de la Naturopatía se han enfocado en:

1). La producción de una de una base sólida de conocimientos propios

2). La generación de un marco conceptual que le otorgue autonomía propia

3). La elaboración de un lenguaje y taxonomia adecuado

En definitiva al fortalecimiento de la identidad como ciencia y profesión; para lo cual ponemos en valor de una forma categórica la influencia filosófica en la práctica Profesional Naturopática, porque a través de esta vía de acceso al conocimiento encontramos múltiples y diversas formas para acercarnos al salutante (individuo-naturaleza-sociedad) y comprender así los posibles significados que las personas dan a las experiencias de salud y realidades salutógenas.