La construcción de cualquier profesión conlleva el desarrollo de un cuerpo específico de conocimientos. Actualmente para que la Naturopatía siga definiendo sus actividades y desarrollando su investigación, esta sistematizando su propio cuerpo de conocimientos, los cuales se expresan como modelos y teorías conceptuales, estos suministran información sobre, las definiciones de la Naturopatía y la practica Naturopática, los principios que forman la base para la práctica, las metas y funciones de la Naturopatía.

La Naturopatía como disciplina científica de carácter práctico y humanista posee un conjunto organizado de conocimientos, sustentados por la investigación científica y el análisis lógico. Cuenta con teorías y modelos que le proporcionan el marco teórico necesario para progresar en su práctica diaria, a través de la descripción, predicción y control de los fenómenos.

Al aplicar el método científico el profesional Naturópata aborda las respuestas que da la persona en el proceso de salud, en su contexto y características personales para realizar una valoración holística adecuada que le permita identificar sus necesidades de salud, por lo que elabora un Programa Persona de Salud (PPS) que le sirva de guía para satisfacer sus necesidades naturales de salud, siempre que la persona participe y se convierta en el protagonista de su salud. Por lo que atender las necesidades naturales de salud de la persona, mantener un bienestar óptimo y contribuir con elevada calidad de vida posible son objetivos fundamentales de la profesión Naturopática

En los últimos decenios, el esfuerzo de la Naturopatía está orientado a la mejora de su relación, su comunicación y el sentido de su propia ubicación en el conjunto de las disciplina científicas. Por tanto, la Naturopatía es una ciencia y una profesión, no es un batiburrillo de alternatividades ni naturalidades, es un sistema de conocimientos y de prácticas, a la vez que de normatividad de conducta.