Para apoyar el papel de la Naturopatía como disciplina científica de carácter autónomo y campo profesional independiente y como agente moral responsable de sus propios juicios éticos, la profesión de Naturopatía elaboró una serie de documentos, a lo largo de su historia, para que sirviera de guía en la práctica profesional Naturopática, naciendo así los Códigos de Ética.

La Federación Mundial de Naturopatía WNF, se encarga de supervisar las normas éticas y deontológicas que sirven como modelos de los códigos de ética profesionales a nivel internacional. Apoya las normas éticas para el ejercicio de la Naturopatía, tales como las responsabilidades hacia el salutante/cliente, la competencia en la práctica, el respecto de la vida y la dignidad de los usuarios de los Servicios Profesionales de Naturopatía y la no discriminación hacia ellos. 

Aún siendo este código la guía para resolver los problemas éticos de nuestra profesión, la Organización Colegial Naturopática de España también dispone de un Código Deontológico de la Profesión Naturopática, para esto designó un comité formado por Profesionales Naturópatas Colegiados que ejercen la profesión en diferentes ámbitos, con el fin de elaborar el primer proyecto, que posteriormente fue sometido a la opinión general del colectivo de Profesionales Naturópatas Colegiados, tuviera un alcance verdaderamente nacional, que fuera un instrumento eficaz para aplicar las reglas de la ética al trabajo profesional no sólo para hacer uso de él en situaciones extremas, sino para reflexionar a través de él, en aquellas situaciones diarias, en las que son necesarias salvaguardar los derechos de los usuarios de los Servicios Profesionales de Naturopatía.

Los valores gremiales de la Naturopatía (Deontología Profesional Naturopática) están formalizados en documentos (como códigos, reglamentos y declaraciones) emitidos por instancias nacionales e internacionales (Organización Colegial Naturopática, Comité Europeo de la Profesión Naturopática; Federación Mundial de Naturopatía).