Zhu, H., Wang, X., Shi, H., Su, S., Harshfield, G. A., Gutin, B., … & Dong, Y. (2013). A genome-wide methylation study of severe vitamin D deficiency in African American adolescents. The Journal of pediatrics, 162(5), 1004-1009.
OBJETIVOS: Para probar la hipótesis de que los cambios en la metilación del ADN están involucrados en la regulación de las células inmunes relacionadas con la deficiencia de vitamina D utilizando un enfoque imparcial de todo el genoma combinado con un enfoque integrativo genómico y epigenómico.
DISEÑO DEL ESTUDIO: Realizamos una exploración de metilación en todo el genoma usando el Illumina HumanMethylation 27 BeadChip en el ADN de leucocitos de 11 casos de deficiencia de vitamina D (suero 25-hidroxivitamina D [25 (OH) D] ≤ 25 nmol / L) y 11 controles de la misma edad ( [25 (OH) D]> 75 nmol / L); los sujetos eran hombres afroamericanos de peso normal (índice de masa corporal <percentil 85) de 14 a 19 años. El paquete Limma se utilizó para analizar cada sitio CpG para la metilación diferencial entre casos y controles. Para corregir las pruebas múltiples, el conjunto de valores de P sin procesar se convirtió en tasas de descubrimiento falsas (FDR). También comparamos nuestros hallazgos con los datos recientes de Genome-Wide Association Studies de los niveles circulantes de 25 (OH) D y luego realizamos una prueba de permutación para examinar si los genes de “doble golpe” se enriquecieron al azar.
RESULTADOS: Un total de 79 sitios CpG lograron P sin procesar <.001. De los 79 sitios CpG, 2 sitios CpG sobrevivieron a múltiples pruebas: cg16317961 (raw P = 3.5 × 10 −6 , FDR = 0.078, en MAPRE2 ) y cg04623955 (raw P = 5.9 × 10 −6 , FDR = 0.078, en DIO3 ) . Además, 3 de los 4 genes previamente identificados en los 2 estudios de asociación de genoma completo también fueron significativos a nivel de metilación ( DHCR7 : cg07487535, P = .015 y cg10763288, P = .017; CYP2R1 : cg25454890, P = .040 ; CYP24A1 : cg18956481, P = .022), lo que refleja un enriquecimiento significativo ( P = .0098).
CONCLUSIÓN: La deficiencia severa de vitamina D se asocia con cambios de metilación en el ADN de los leucocitos. El enfoque genómico y epigenómico refuerza los papeles cruciales que desempeñan los genes DHCR7 , CYP2R1 y CYP24A1 en el metabolismo de la vitamina D.