La Naturopatía en sus orígenes fue empírica y descriptiva, es decir, utilizó la experiencia como sustrato de su práctica social. Posteriormente, con la contribución de las ciencias formales y su explicación sobre los fenómenos naturales y humanos, la Naturopatía comenzó e utilizar el método científico, es decir se volvió científica, fundamentando sus prácticas en el conocimiento proporcionado por el método científico.

Y dentro de ese proceso de sistematización de la ciencia Naturopática, la comunicación no ambigua de conceptos Naturopáticos detallados y complejos es crucial hoy en día para la práctica profesional Naturopática y para la investigación científica en Naturopatía.

La intervención Naturopática propicia la autoregeneración de la persona, lo cual constituye un fenómeno holístico, una expresión de la habilidad de autoorganización de la persona (individuo – naturaleza – sociedad) en su conjunto, y la mejor manera de estimularlo es a través de medios holísticos.

Si la salud es un fenómeno complejo, interactivo, intractivo, estructural, sistémico y holístico, su metodología de abordaje tiene que ser de la misma índole; así pues la metodología de intervención Naturopática tiene cumplir estas características, es decir a través de medios holístico que contemplen a la persona en su integridad ecobiospicosocial.

Para ello la Naturopatía se basa en las aportaciones de las ciencias naturales, las ciencias sociales, las ciencias axiológicas y las ciencias humanas, además de los aportes de las ciencias tecnológicas.