Como toda ciencia o área del saber humano la Naturopatía también tiene una estructura sistemática, es decir tiene:

· Un objeto material de estudio (el objeto material de una ciencia es el contenido o campo de la realidad a la que se enfoca para estudiarla): El ser humano, que comparte con otras disciplinas.

· Un objeto formal de estudio ( el objeto formal de una ciencia es el punto de vista desde el cual se estudia ese contenido o campo de la realidad): La salud en su dimensión natural

· Un objeto de la investigación (INVESTIGACIÓN EN NATUROPATIA: “Es la investigación sistemática de la praxis profesional Naturopática y del efecto de su práctica en Servicio Profesional de Naturopatía” (Grupo de Estudios para la Sistematización de la Naturopatía). La investigación en Naturopatía se centra en la comprensión de los mecanismos fundamentales (biológicos, psicológicos, sociológicos, ecológicos, transpersonales) que inciden en la capacidad de las personas, la familia y la comunidad para mantener o incrementar un nivel óptimo de salud y minimizar los efectos negativos de la pérdida de salud): La etiología de la salud (higiogenesis, salutogenesis, procesos higiológicos).

· Un objetivo metodológico (La metodología debe reflejar la estructura lógica y el rigor científico del proceso de investigación, es decir, la elección de una vía, camino sendero o método para dar cumplimiento a los objetivos): Educación para la Salud y Promoción de la Salud, Cultura de la Salud, Autogestión de la Salud para que la persona obtenga un Nivel Óptimo de Salud, adquiera Conductas Positivas de Salud y lleve un Estilo de Vida Saludable.

· Una tecnología (La tecnología es el conjunto de conocimientos técnicos, ordenados científicamente, que permiten diseñar y crear bienes y servicios que facilitan la adaptación al medio ambiente y satisfacer tanto las necesidades esenciales como los deseos de las personas. Con la tecnología Naturopática se pretende aplicar un enfoque científico y sistémico concomitante para que la persona alcance un nivel optimo de salud en sus variadas manifestaciones y diversos niveles): Agentes Naturales de Salud ( Métodos Naturales de Salud, Higiotécnias)

· Una praxiología (Praxiología es un término derivado de “Praxis” que significa práctica y “Logos”, teoría. Se puede conceptuar como aquella práctica derivada de una teoría, pero a su vez, como el conjunto de acciones con arreglo a imperativos que obedecen a un rigor metodológico para generar o propiciar nuevos conocimientos que conduzcan a criticar teorías existentes o coadyuvar en la producción de nuevas teorías). En la praxiología Naturopática llevamos a la práctica las investigaciones realizadas a nivel teórico y práctico plasmándolas en el Programa Personal de Salud (PPS)