La Epistemología, rama de la Filosofía, estudia el conocimiento, su dinámica e interrelación. Al contrastar la verdad con las creencias, fundamenta los fenómenos y procesos para llegar a conocerlos.

En el proceso de sistematización de la Naturopatía incluimos la Naturopatía como Ciencia Natural y como Ciencia Social, por tanto podemos decir que la Naturopatía está dentro del quehacer de las ciencias, y que también es un disciplina de carácter autónomo dentro del marco de las Ciencias de la Salud; y a la vez también tiene una dimensión de práctica social

Así pues, la Naturopatía cumple con los criterios de demarcación de las ciencias básicas, aquellas que buscan desinteresadamente la verdad; también en su producción investigadora la Naturopatía busca verdades utilizables y practicas, por tanto también entra en la demarcación de las ciencias prácticas; a la vez que también hablamos de tecnología y técnicas Naturopáticas, ya que también diseña o producen elementos utilizables; la Naturopatía también enfoca su investigación y práctica en la ciencia biosocial, que estudia procesos conjuntos biología-sociedad. Todas estás categorías de investigación y práctica están interrelacionadas en la práctica profesional Naturopática.

La Naturopatía, como toda disciplina, en sus inicios tuvo un marcado carácter empírico y descriptivo, es decir, utilizó la experiencia como sustrato de su práctica profesional. Fue a partir de los años 50, con el aporte de las ciencias formales y su explicación sobre los fenómenos humanos, cuando la Naturopatía comienza su fundamentalmente científica, basando su prácticas en el conocimiento proporcionado por la ciencia.

La Naturopatía utiliza los conocimientos que le proporcionan las ciencias y los encamina a un Servicio Profesional de Naturopatía soportado por el método científico, y con su dimensión social, pedagógica, humanista y filosófica.