Las tres distintas posturas que se dan en la historia de la Naturopatía acerca de su especificidad como disciplina científica, podemos resumirla de la siguiente forma:

La primera, que podríamos denominar Corriente Marginal, es la que considera el estudio de la Salud en su vertiente natural, objeto formal de estudio de la Naturopatía, como una de las partes de otro objeto de estudio, de otras preocupaciones intelectuales; es decir, la salud seria una cuestión de reflexión filosófica y de actitud vital ante la vida. Se intentaría conocer los fines, que obviamente dependerían de la concepción total de la vida, y, por tanto, se intentaría reducir el estudio de la salud a la que podíamos llamar una filosofía salutista identificada con la corriente que se queda exclusivamente en el plano filosófico. La Salud, el alcanzar un Estado Óptimo de Salud, ha formado parte de una concepción global de la vida, sus postulados pertenecen a un cuerpo de doctrinas que abarcan algo más que unas simples reglas para recuperar o mantener la salud; por tanto, en esta corriente estarían representadas las grandes filosofías que contemplan el recto vivir: Pitagorismo, Taoísmo, Budismo, Naturismo, Higienismo, Vegetarianismo, con sus correspondientes plasmaciones sociales y contenido pedagógico.

El problema metodológico que presenta esta tendencia es la dificultad para que, con sus postulados, puedan generarse principios, explicaciones y prescripciones de intervención Naturopática, al quedarse exclusivamente en el plano filosófico. Pero no por ello deja de ser una dimensión fundamental de la que está impregnada la Naturopatía en sus bases fundamentales filosóficas, sociales y pedagógicas.

La segunda, que podríamos denominar Corriente Subalterna, es la que ha sido representada por los llamados médicos naturistas los cuales subordinan el estudio de la Salud en su esfera natural al campo exclusivo de la medicina intentando, por ello, medicalizar la Naturaleza. Los defensores de esta corriente consideran que el naturismo como filosofia salutista y la Naturopatía como ciencia, tecnología y praxiología de la salud, en su vertiente natural, tiene que estar subordinada al campo de estudio de la medicina es decir que sea una especialidad médica más, según unos, y una corriente de renovación de la medicina, según otros. Lo mismo podría decirse de la medicina no convencional, medicina alternativa, medicina integral, terapias naturales, terapias alternativas, terapias no convencionales…. que subsumen la Naturopatía en el batiburrillo y desconcierto epistemológico, quedando como una especialidad, según algunos, y como un subproducto del intrusismo pseudocientífico según otros.

La tercera, que podemos denominar Corriente Autónoma, justifica y explica la intervención Naturopática mediante la elaboración de una estructura teórica de interpretación del fenómeno Salud desde su vertiente Natural..Una forma de conocimiento puede considerarse autónoma cuando crea, organiza y delimita su propio campo conceptual con sus correspondientes pruebas acerca de la veracidad de sus proposiciones; por tanto, si la Salud, en su dimensión natural, es considerada como un ámbito de la realidad con significación intrínseca, será preciso elaborar teorías sustantivas de la salud y tecnologías específicas de la salud desde su ámbito natural. Esta corriente mantiene que la Salud, en su dimensión natural, es objeto de estudio formal y praxis concreta de la Naturopatía como sistematización teórica y practica de los conocimientos acerca de la salud desde su parcela natural, que es lo que realmente le da su carácter autónomo: su objetivo metodológico, ya que su objetivo formal es objeto de estudios de otras disciplinas como veremos mas adelante. Esta corriente es iniciada por Benedict Lust (1872 – 1945); Joseph Edward Cummins (1867 – 1949) y Edward Earle Purinton (1878 – 1958) y Carl Shultz (1862 – 1954).

Estas tres corrientes siguen presentes, todavía, en la casuística Naturopática, aunque la última es la que prospectivamente está siguiendo una línea de realizaciones teóricas y prácticas que fundamentan el saber Naturopático (lógicamente teniendo en cuenta las aportaciones filosóficas de la primera y las aportaciones epistemológicas de la segunda).

De aquí, pues, queda patente el carácter de la Naturopatía como ciencia autónoma. La Naturopatía como Ciencia de la Salud, queremos afirmar que, epistemológicamente (por la forma de conocer) y ontológicamente (por el ámbito de realidad que se estudia, la Salud en su dimensión Natural) es susceptible de estudio científico autónomo; por tanto la Naturopatía, como Ciencia de la Salud es disciplina científica autónoma, como la psicología, la medicina, la biología, la estomatología, la fisioterapia, la podología etc., dentro del marco de las Ciencias de la Salud.