Minot, S., Bryson, A., Chehoud, C., Wu, G. D., Lewis, J. D., & Bushman, F. D. (2013). Rapid evolution of the human gut virome. Proceedings of the National Academy of Sciences, 110(30), 12450-12455.

Los seres humanos están colonizados por inmensas poblaciones de virus, que según los análisis metagenómicos son en su mayoría únicos para cada individuo. 

Para investigar el origen y la evolución del viroma intestinal humano, analizamos la comunidad viral de un individuo adulto de más de 2,5 años mediante una secuenciación metagenómica extremadamente profunda (56.000 millones de bases de secuencia viral purificada de 24 muestras fecales longitudinales). Tras el montaje, se pudieron identificar 478 contigentes bien determinados, que se infiere que corresponden en su mayoría a genomas de bacteriófagos no estudiados anteriormente. 

El 80% de estos tipos persistieron durante todo el período de duración del estudio de 2,5 años, lo que indica una estabilidad global a largo plazo. Los mecanismos de sustitución de bases, las tasas de acumulación y el grado de variación variaron entre los tipos de virus. Los fagos templados mostraron tasas de mutación relativamente más bajas, consistentes con la replicación por polimerasas de ADN bacteriano precisas en el estado de profecía integrada. En cambio, los Microviridae, que son bacteriófagos líticos con genomas circulares de ADN de una sola hebra, mostraron altas tasas de sustitución (>10(-5) por nucleótido cada día), de modo que la divergencia de la secuencia en el período de 2,5 años estudiado se aproximó a valores suficientes para distinguir las nuevas especies virales. 

Los cambios longitudinales también se asociaron a retroelementos generadores de diversidad y a conjuntos de repeticiones palindrómicas cortas regularmente espaciadas codificadas por virus. 

Se infiere que la extrema diversidad interpersonal de los virus del intestino humano deriva de dos fuentes, la persistencia de una pequeña porción del viroma global dentro del intestino de cada individuo y la rápida evolución de algunos miembros del viroma a largo plazo.