Lazarevic, V., Whiteson, K., Hernandez, D., François, P., & Schrenzel, J. (2010). Study of inter-and intra-individual variations in the salivary microbiota. BMC genomics, 11(1), 523.

FONDO: Las comunidades bacterianas orales contienen especies que promueven la salud y otras que han sido implicadas en enfermedades orales y / o sistémicas. Los enfoques independientes de la cultura proporcionan los mejores medios para evaluar la diversidad de las bacterias orales, ya que la mayoría de ellas siguen siendo inescrutables.

RESULTADOS: la microbiota salival de cinco adultos se analizó en tres puntos temporales mediante la tecnología de pirosecuenciación de 454. La región V1-V3 de los genes bacterianos del ARNr 16S se amplificó por PCR utilizando lisados ​​de saliva y cebadores de amplio rango. Los productos de la PCR con código de barras se agruparon y secuenciaron unidireccionalmente para cubrir la región hipervariable V3. De 50,708 secuencias obtenidas, 31,860 pasaron el control de calidad. Se eliminaron las secuencias no bacterianas (2,2%) con 31,170 lecturas. Las muestras estuvieron dominadas por siete filos principales: se identificaron miembros de Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes y candidata división TM7 en todas las muestras; Fusobacterias y espiroquetas se identificaron en todos los individuos, pero no en todos los puntos temporales. El conjunto de datos fue representado por 3, 011 secuencias distintas (100% de filotipos de ID) de ~ 215 nucleótidos y 583 filotipos marcados con una identidad de ≥97% (97% de filotipos de ID). Comparamos muestras de saliva de diferentes individuos en términos de la filogenia de sus comunidades microbianas. Sobre la base de la presencia y ausencia de filotipos definidos en umbrales de identidad del 100% o 97%, las muestras de cada sujeto formaron grupos separados. Entre los taxones individuales, los bacteroidetes de phylum y los clostridiales de orden (Firmicutes) fueron los mejores indicadores de la similitud intraindividual de la flora salival a lo largo del tiempo. Quince de los 81 géneros constituían del 73 al 94% del total de secuencias presentes en diferentes muestras. De estos, 8 fueron compartidos por todos los puntos de tiempo de todos los individuos, mientras que 15-25 géneros estuvieron presentes en los tres puntos de tiempo de diferentes individuos. Representantes de la clase de esfingobacterias,

CONCLUSIONES: La comunidad microbiana salival pareció mantenerse estable durante al menos 5 días, lo que permitió la agrupación específica por sujeto utilizando UniFrac. La inclusión de todas las muestras disponibles de puntos de tiempo más distantes (hasta 29 días) confirmó esta observación. Las muestras tomadas en intervalos de tiempo más cercanos no fueron necesariamente más similares que las muestras obtenidas en tiempos de muestreo más largos. Estos resultados apuntan a la persistencia de taxones específicos del sujeto cuya frecuencia fluctúa entre los puntos temporales. El género Gemella , identificado en todos los puntos temporales de todos los individuos, no se definió como un género de microbioma central en estudios previos de comunidades bacterianas salivales. Los estudios de microbioma oral en humanos aún están en su infancia y se requieren proyectos a gran escala para definir mejor el núcleo de microbioma oral individual y universal.